在大甲溪出海口的潮溪區,在潮水進退之間有著不同的生態面向,漲潮時能見到鰻魚、豆仔魚與其它迴游性魚類的魚苗溯水而上,退潮以後能在潮溪區兩旁的泥灘地看到彈塗魚、花跳、弧邊招潮蟹、短身大眼蟹的身影。
包括大甲溪北岸的卵石海堤與南岸堤防邊的礫石堆在內的碎石區,在石頭表面有藤壺附生,石縫則有海蟑螂、無齒膛臂蟹、摺痕相手蟹等。
除了的兩棲動物,季節交替定期拜訪的候鳥也是高美溼地的焦點,每年9月冬候鳥來此過冬,鷸科鳥、黑嘴鷗、赤頸鴨、鷺科鳥類、雁鴨。三月春季黃足鷸、黑尾鷸、翻石鷸等鷸科鳥接連報到,夏季則有小燕鷗、黃頭燕。
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